新四軍成立時政治部設(shè)有敵工部，負(fù)責(zé)對日偽軍工作的組織領(lǐng)導(dǎo)。1939年3月，周恩來在皖南對新四軍的敵軍工作提出要求：“用—切方法動搖敵軍軍心，使他們部隊(duì)里面反戰(zhàn)情結(jié)高漲，不愿意打仗”，“把瓦解偽軍的工作放在很重要的地位，不僅在軍事上消滅他，而且在政治上瓦解他，使敵人不敢運(yùn)用偽軍”，要“利用維持會、偽軍等做內(nèi)線，為我們偵察敵情，通報(bào)消息，將來時機(jī)成熟可以里應(yīng)外合”，“在大城市中建立秘密的工作”。
新四軍重建軍部后，隨著蘇南、蘇中、蘇北、淮南、淮北、豫鄂、皖中（皖江）、浙東等抗日根據(jù)地相繼建立，敵軍工作亦成為各根據(jù)地一項(xiàng)重要工作。為貫徹中共中央指示，加強(qiáng)對敵偽軍工作的組織領(lǐng)導(dǎo)，華中局于1941年10月25日發(fā)出專門指示，強(qiáng)調(diào)指出：加強(qiáng)敵偽軍工作，已成為華中全黨全軍一個極其重要的工作，必須以最大決心和毅力來加強(qiáng)這一工作，才能長期堅(jiān)持華中，才能保證鞏固華中抗日民主根據(jù)地。根據(jù)中共中央和華中局的指示，相繼建立并逐步健全了敵偽軍工作的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)和辦事機(jī)構(gòu)，各地委、縣委亦成立了敵軍工作部門，在與敵偽接近的地區(qū)成立了敵工站。在皖江，新四軍第七師政委曾希圣曾親自兼任區(qū)黨委聯(lián)絡(luò)(敵工)部部長。在淮北，第四師號召全區(qū)要挑選最好的干部到敵占區(qū)去，并將區(qū)黨委敵工部和第四師敵工部合并，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)地方和部隊(duì)的敵軍工作。各根據(jù)地從上到下建立起了—套完整的敵軍工作機(jī)構(gòu)，為開展敵偽軍工作奠定了強(qiáng)有力的組織基礎(chǔ)。
由于日偽軍不斷對抗日根據(jù)地進(jìn)行“掃蕩”、“清鄉(xiāng)”，在兵力上和裝備上又處于優(yōu)勢，給根據(jù)地造成極大的損失。為了化被動為主動，粉碎日偽軍的陰謀，及時獲知敵軍的動向就成為對敵斗爭中的緊迫任務(wù)。為此，各根據(jù)地派出大量得力人員，采取各種形式，利用各種社會關(guān)系，打入到敵人內(nèi)部去獵取情報(bào)。建立情報(bào)網(wǎng)，做到知己知彼，以避敵鋒芒，乘機(jī)打擊敵人。淮北區(qū)經(jīng)過一年多工作，，在偽軍據(jù)點(diǎn)建立了情報(bào)關(guān)系。其中11個據(jù)點(diǎn)能主動向新四軍送情報(bào)，45個據(jù)點(diǎn)敵人出發(fā)時新四軍可以及時獲悉。蘇南區(qū)敵工委派人打入浦東日偽軍內(nèi)部，每次當(dāng)日偽軍對根據(jù)地進(jìn)行“掃蕩”時，新四軍均可及時獲悉，使根據(jù)地軍民能安然轉(zhuǎn)移，隨日偽軍尾部打轉(zhuǎn)，情況最緊急時甚至可以進(jìn)入偽軍據(jù)點(diǎn)隱蔽。在丹北地區(qū)，不少戰(zhàn)斗都是敵工站先派人收集情報(bào)，找向?qū)В浜蟽?nèi)應(yīng)，取得勝利。皖江區(qū)黨委及各地委、縣委聯(lián)絡(luò)(敵工)部下設(shè)敵工、情報(bào)、交通三個部門。從敵人內(nèi)部搞到的情報(bào)，依賴于“交通”的迅速傳遞，否則就不能發(fā)揮作用。當(dāng)時日偽據(jù)點(diǎn)星羅棋布，封鎖線縱橫交錯，中間又有長江天險(xiǎn)阻隔，傳送情報(bào)的工作任務(wù)繁重而艱險(xiǎn)，由于根據(jù)地各級黨委的重視，都能出色地完成任務(wù)。
為了動搖日偽軍的軍心，各根據(jù)地大力加強(qiáng)了宣傳工作，在敵人經(jīng)常活動的地區(qū)刷寫醒目的大標(biāo)語：印制各類宣傳品，通過散發(fā)、張貼、郵寄、送交等各種方法，不斷地將宣傳品送到日偽軍和偽組織等偽方人員中，將根據(jù)地出版的報(bào)紙，通過各種渠道向日軍和偽軍、偽組織散發(fā)。浙東區(qū)還出版了日文版的《解放周報(bào)》，專門對日軍開展宣傳攻勢，從而使日軍的思想情緒逐漸發(fā)生變化，由思鄉(xiāng)、悲觀，發(fā)展到厭戰(zhàn)、怠戰(zhàn)、反戰(zhàn)，削弱日軍的戰(zhàn)斗力。有的日軍主動向新西軍投誠。偽軍、偽組織人員在強(qiáng)大的、經(jīng)常不斷的宣傳攻勢下，紛紛從附逆變?yōu)槟転樾滤能娎玫摹皟擅媾伞被颉叭媾伞薄８鞲鶕?jù)地還普遍進(jìn)行了偽屬的調(diào)查和登記工作。在廣泛調(diào)查登記的基礎(chǔ)上，動員偽屬爭取偽軍和偽組織人員。
抗日根據(jù)地在偽軍中開展的“紅黑點(diǎn)運(yùn)動”，是群眾性敵軍工作的又一創(chuàng)造。蘇中區(qū)黨委敵工委、地委敵工分委、縣委敵工部成立后，于1943年在全區(qū)范圍內(nèi)對偽軍開展了“紅黑點(diǎn)運(yùn)動”，即對偽軍、偽警、偽組織人員做一件好事記一個紅點(diǎn)，做一件壞事記一個黑點(diǎn)，在一定時間予以公布，張貼在碉堡、崗樓、電桿上。用紅點(diǎn)鼓勵偽方人員改惡向善，用黑點(diǎn)給以警告，促其自新，對堅(jiān)決擾害人民的則予以鎮(zhèn)壓，造成對偽方人員強(qiáng)大政治壓力，促進(jìn)了偽軍偽組織內(nèi)部的分化。
各根據(jù)地還開展了交通要道的敵軍工作，長江工委經(jīng)過艱苦細(xì)致的工作，建立起了連接長江兩岸的秘密交通線，掩護(hù)大批干部和知識分子安全地在敵人嚴(yán)密封鎖的長江防線上通行無阻。皖江根據(jù)地設(shè)立沿江秘密交通線，第七師抽調(diào)得力干部秘密進(jìn)入長江中心的老洲，組織了以偽軍名義出現(xiàn)的小分隊(duì)，還建立了“兩面派”政權(quán)老洲鄉(xiāng)公所，使老洲這個江心小島牢牢地掌握在第七師手中，日、偽、頑都無法插足，滾滾長江成了皖江區(qū)和新四軍第七師人員南來北往的坦途。蘇北根據(jù)地中共鹽阜地委還開辟了一條從蘇北到上海的海上交通線，打破了敵人對鹽阜及整個蘇北區(qū)的封鎖，完成了運(yùn)送干部和大批軍需民用物資等艱巨任務(wù)。
各根據(jù)地通過組織敵后武工隊(duì)，開展邊緣區(qū)敵軍工作。為了打破敵人的經(jīng)濟(jì)封鎖，解決根據(jù)地人民緊缺的各種物資，還秘密派出人員到敵占城市開展工作。淮北區(qū)黨委特地成立徐州工委和蚌埠工委，專門爭取大股偽軍反正。徐州工委遵照中共中央和華中局指示，重點(diǎn)爭取汪偽淮海省省長兼徐州綏靖公署主任郝鵬舉反正。經(jīng)過一段時間構(gòu)工作，淮北區(qū)黨委書記鄧子恢親自接見偽軍上層人物，終于將偽淮海省宣傳處長兼軍政干部學(xué)院少將教育長高漢、偽第六路軍第一師師長乜庭賓、第二師師長張奇等人發(fā)展為中共特別黨員，搞到了日偽的大量情報(bào)。抗戰(zhàn)甫告勝利，即策動了郝鵬舉部偽軍2萬人反正，在華中地區(qū)產(chǎn)生了很大影響。