日軍在其計劃被打亂的情況下，出動主力及大批偽軍對蘇中進行報復“掃蕩”，企圖夾擊泰州地區(qū)新四軍主力，進攻鹽城。第一師鑒于討李戰(zhàn)役的目標已經(jīng)實現(xiàn)，為避開敵人鋒芒，遂主動撤出，以團為單位，轉入農(nóng)村，進行短暫休整和反“掃蕩”，并以主力一部轉移至東臺以北，打擊北犯日軍。日軍轉而集中兵力對新四軍第一師活動地區(qū)東臺、如皋等地進行報復性的大“掃蕩”，反復搜尋第一師主力與之決戰(zhàn)，但一無所獲。1941年12月，日偽軍對蘇中根據(jù)地發(fā)動了冬季“掃蕩”，兵分兩路，向如皋縣東部豐利鎮(zhèn)和東臺縣三倉地區(qū)合擊。第一師兼蘇中軍區(qū)集中10個團的兵力，在北起三倉，南達長江，東至梅濱，西至古溪、興化，縱橫數(shù)百里的地區(qū)內(nèi)，全面展開反“掃蕩”作戰(zhàn)，迫使日軍倉促撤回原防，停止“掃蕩”。
太平洋戰(zhàn)爭的爆發(fā)，使日軍在舉兵南進之際，一時無力在華占領區(qū)采取大的軍事行動。但是，隨著戰(zhàn)局的發(fā)展，日軍加緊推行“以戰(zhàn)養(yǎng)戰(zhàn)”、“以華制華”的政策，為此，日軍更多地收編和利用偽軍，對抗日根據(jù)地發(fā)動了一場所謂的“總力戰(zhàn)”。1942年，蘇中敵后斗爭仍處于相持狀態(tài)，日偽軍連續(xù)不斷地發(fā)起“掃蕩”、“清剿”，平均每星期進行一次出動兵力500人左右的小“掃蕩”，每半月進行一次出動兵力千人以上的較大規(guī)模的“掃蕩”。第一師兼蘇中軍區(qū)采取一面鞏固，一面發(fā)展，在有利條件下積極殲敵的方針，一次又一次地粉碎了日偽軍的“掃蕩”，并主動襲擊日偽軍防守薄弱的據(jù)點。日偽軍在蘇中“掃蕩”接連受挫后，從1942年6月起，實施了三次大規(guī)模的“清剿”行動。敵人的每次“清剿”都是先集中兵力對“清剿”區(qū)分進合擊，撲空后即分兵四處“掃蕩”，逐村搜索搶掠。其隨軍工作隊分組下鄉(xiāng)，召集會議，進行欺騙宣傳，建立偽政權。面勸敵人的“清剿”式“掃蕩”，新四軍第一師兼蘇中軍區(qū)及時跳出“清剿”區(qū)，尋機殲敵，部分地方武裝和民兵就地堅持，與敵糾纏；在“清剿”區(qū)外的各地，積極向當面之敵發(fā)動攻勢，策應“清剿”區(qū)作戰(zhàn)。軍民同心，配合反“掃蕩”，取得了一個又一個勝利。