1946年12月23日，中共中央根據(jù)解放戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)的需要，決定山東軍區(qū)和華中軍區(qū)合并組成華東軍區(qū)，山東野戰(zhàn)軍和華中野戰(zhàn)軍合并組成華東野戰(zhàn)軍，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)山東和華中的軍事斗爭(zhēng)。1947年1月21日，新四軍兼山東軍區(qū)與華中軍區(qū)合編為華東軍區(qū)，山東野戰(zhàn)軍與華中野戰(zhàn)軍合編為華東野戰(zhàn)軍。新四軍番號(hào)至此撤銷(xiāo)。華東野戰(zhàn)軍司令員和政委陳毅兼，副司令粟裕，副政委譚震林，參謀長(zhǎng)陳士榘，政治部主任唐亮，副參謀長(zhǎng)劉先勝、張?jiān)獕郏尾扛敝魅午娖诠?。野?zhàn)軍下轄第一、第二、第三、第四、第六、第七、第八、第九、第十、第十一、第十二共11個(gè)步兵縱隊(duì)和1個(gè)特種兵縱隊(duì)。其中由新四軍部隊(duì)組建與發(fā)展起來(lái)的有：第一縱隊(duì)、第二縱隊(duì)、第四縱隊(duì)、第六縱隊(duì)、第七縱隊(duì)、第十一縱隊(duì)兼蘇中軍區(qū)、第十二縱隊(duì)兼蘇北軍區(qū)、特種兵縱隊(duì)。整編后華東軍區(qū)、華東野戰(zhàn)軍共有部隊(duì)42萬(wàn)余人，其中野戰(zhàn)軍29萬(wàn)余人。為堅(jiān)持和加強(qiáng)華中地區(qū)的斗爭(zhēng)，1947年9月又成立華中指揮部，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)指揮第十一、第十二縱隊(duì)及蘇中、蘇北軍區(qū)所屬軍分區(qū)。還以華中野戰(zhàn)軍第九縱隊(duì)第七十七、第八十一團(tuán)和第七軍分區(qū)騎兵大隊(duì)、洪澤湖大隊(duì)組成淮北支隊(duì)，返回淮北地區(qū)開(kāi)展游擊戰(zhàn)爭(zhēng)。淮南支隊(duì)率部挺進(jìn)淮南敵后開(kāi)展游擊戰(zhàn)爭(zhēng)。
除在華東地區(qū)的新四軍部隊(duì)，在解放戰(zhàn)爭(zhēng)中得到發(fā)展壯大外，在中原地區(qū)突圍的原新四軍第五師部隊(duì)也得到恢復(fù)與發(fā)展。突圍至豫陜鄂地區(qū)的部隊(duì)8000余人，組成晉冀魯豫野戰(zhàn)軍第十二縱隊(duì)。1947年12月，第十二縱隊(duì)改為重建的中原軍區(qū)江漢軍區(qū)。原第五師的其他部隊(duì)分別編成桐柏軍區(qū)、鄂豫軍區(qū)。
赴東北執(zhí)行任務(wù)的原新四軍第三師部隊(duì)在1946年1月14日，編入東北民主聯(lián)軍序列。后于1947年11月整編為東北野戰(zhàn)軍第二縱隊(duì)和第六縱隊(duì)第十六師、第七縱隊(duì)第十九師等部。
1949年1月15日中共中央軍委發(fā)布命令，全軍統(tǒng)一整編。華東野戰(zhàn)軍于1949年2月9日改稱(chēng)第三野戰(zhàn)軍，司令兼政委陳毅，副司令兼第二副政委粟裕，第一副政委譚震林，參謀長(zhǎng)張震，政治部主任唐亮、副主任鐘期光，后勤司令部司令兼政委劉瑞龍。
此外原在華中地區(qū)的一些地方軍區(qū)、地方武裝也得到很大的發(fā)展。重新組成了皖北、蘇北軍區(qū)，籌建了蘇南、皖南軍區(qū)，并組建了12個(gè)警備旅，隸屬于各軍區(qū)。北撤時(shí)留在浙東、蘇南、皖南沿江地區(qū)的游擊武裝，都在極為艱苦的環(huán)境中，長(zhǎng)期堅(jiān)持斗爭(zhēng)，并在斗爭(zhēng)中不斷地得到發(fā)展。他們?cè)谔K南建立了新四軍蘇浙皖邊支隊(duì)，在浙東繼續(xù)打出新四軍浙東游擊縱隊(duì)旗號(hào)，重建了“三、五支隊(duì)”，在皖南恢復(fù)了新四軍沿江支隊(duì)，部隊(duì)發(fā)展到3000余人。他們?cè)趪?guó)民黨嚴(yán)密統(tǒng)治的心臟地區(qū)堅(jiān)持不屈不撓的斗爭(zhēng)，牽制和打擊國(guó)民黨軍，緊緊依靠人民，獨(dú)立自主的發(fā)展壯大自己。
從1937年10月新四軍組建起，至1949年10月新中國(guó)成立時(shí)止，從開(kāi)始的1萬(wàn)人發(fā)展成為中國(guó)人民解放軍12個(gè)野戰(zhàn)軍和一部分地方軍區(qū)，共約40萬(wàn)余人，為中華民族解放事業(yè)和建立新中國(guó)作出了巨大的貢獻(xiàn)。